
Od prvih godina svog klerikata gajio sam u sebi gotovo urođenu želju da vidim jedinstvo svih Kristovih crkava. Odvajanje Zapada od Istoka, Juga od Sjevera u vjerskim pitanjima nisam nikada mogao ravnodušno podnositi. Živo sam želio upoznati uzrok tako brojnih i tako velikih raskola i razmotriti da li bi se mogao pronaći kakav put da se sve Kristove crkve združe u pravo staro jedinstvo, pa sam gorio od želje da to vidim. (…) Ta me je bol i prekomjerna žalost neobično satirala i iz dana u dan satire me sve više. Odatle sam dobivao poticaj za gorljivo studiranje.
Marcus Antonius de Dominis, Archiepiscopus Spalatensis, suae profectionis consilium exponit (Marko Antun de Dominis, splitski nadbiskup, objašnjava plan svog odlaska)
Marko Antun de Dominis; Heidelberg, 1616.
(Encyclopaedia moderna, br. 5-6, 1967.)
Za Marka Antuna de Dominisa postojalo je jedno bitno pitanje – povijesna uloga Crkve u vremenu vjerske, duhovne i političke dezintegracije u Europi. Crkva je, za Dominisa postala previše svjetovna na štetu svoje duhovne biti, tj. nije ostvarenje izvornog lika crkve Kristove. Glavni uzrok tome on vidi u papinu primatu i cjelokupnu kritiku Crkve temelji na sustavnom proučavanju Svetog pisma, patristike, crkvenih kanona, zaključaka starih koncila i ostalih kršćanskih spisa.
Rezultat tog proučavanja je Dominisovo glasovito životno djelo De republica ecclesiastica (O crkvenoj državi, 1617-1622.), u kojoj se ističe nekoliko osnovnih teza kojima je prožeto čitavo njegovo izlaganje i koje postavlja kao svrhu i krajnji cilj cijelog svog djelovanja. U prvom redu, za ostvarenje ireničkoga cilja, Dominis više puta ponavlja potrebu za sjedinjenjem svih kršćanskih crkava, zatim ističe da Crkva treba biti isključivo upućena na duhovne ciljeve te se obraća svim europskim vladarima s apelom da se klone međusobnih ratova, pogotovo izazvanih vjerskim razmiricama, i da se trude zadržati mir u Europi na principima uzajamne tolerancije i poštivanja tradicionalnih razlika, čime otvara vrata – univerzalnoj humanosti.
Svojim zauzimanjem za jedinstvo kršćanskih crkava, osnovnom tezom koju nikada nije opozvao, Dominis je bio preteča suvremenom ekumenizmu i Drugom vatikanskom koncilu održanom 1960-ih godina (1962-1965.). Također, sve što je Dominis iznosio vezano uz hijerarhiju Crkve, odnosno suodgovorno upravljanje biskupa u Crkvi, Drugi je vatikanski sabor preuzeo govoreći o biskupskom kolegiju. O Dominisu i Drugom vatikanskom koncilu 1971. godine piše Ivan Supek u eseju Marko Antonije de Dominis – prethodnik principa koegzistencije:
Posthumni Marcus Antonius ima mnogo reći svojoj katoličkoj crkvi, koje se po vlastitom iskazu nije nikad odrekao, a koja je na nedavnim ekumenskim koncilima oprezno otvorila neke njegove teze. Da li je on još uvijek odviše naprijed i za najprogresivnije katoličko krilo, znat ćemo uskoro. Protagonist koegzistencije mnogo će još reći drugim kršćanskim crkvama, no preko toga i svim ljudima …

Drugi Vatikanski koncil
Fotografija iz priloga Novi smjer Petrove lađe (Globus br. 171.; Zagreb, 7. listopada 1962.
Knjižnica Hrvatskog povijesnog muzeja
"Platon je napisao "Državu", a šest stoljeća poslije Aurelije Augustin je napisao "Božju državu", i tako Platonovu "Državu" presvukao u kršćansko ruho, a dvanaest stoljeća poslije Augustina, Dominis piše "Crkvenu državu" kojom pokušava rastrganu i zalutalu Crkvu vratiti na put koji je trasirao njen utemeljitelj. Platona, Augustina i Dominisa doživljavam kao kontinuitet. Oni su na jednoj crti, oni ustvari čine važni putokaz. (...) Neovisno o tome što su kroz minula stoljeća oživotvorene mnoge Dominisove ideje, što se pokazao kao "Prorok", rekao bih da se "Crkvena država" može uzeti kao udžbenik ekumenizma." (Ante Maletić: Skica za portret Marka Antuna de Dominisa, 2008.)
Skoro 350 godina prije Drugog Vatikanskog koncila, Marko Antun de Dominis – čovjek ispred svog vremena i žrtva vremena u kojem je živio – bio je preteča mnogim današnjim ekumenskim gibanjima. Zbog toga ga svećenik i profesor Ivan Golub naziva teologom pomirenja i prorokom:
Tiber crno teče.
Nagibam se s platanama
kao rukama
je li gdje trun pepela
proroka II. Vatikanskog koncila
i biskupskog kolegija.
Naginjem se s platanama.
Ivan Golub: Castel Sant Angelo
Izabrani radovi II (Edicija Dominis), 2003.